Ở Ấn Độ, Phật giáo quả thật là đã bị diệt vong sau khi Mật giáo thịnh hành. Vì vậy mà nói Mật giáo là Phật giáo đại thừa vào thời kỳ cuối của Ấn Độ. Nhưng không thể nói Mật giáo thịnh hành thì Phật giáo phải diệt vong. Mật giáo Tây Tạng, tuy có lúc hưng, lúc suy, nhưng vẫn tồn tại kéo dài mãi đến nay.
Mật chú vốn là nội dung chủ yếu, là một trong bốn sách Vệ-đà của Bà-la-môn giáo, về sau kết hợp với tín ngưỡng và phép tu sùng bái tinh lực thành ra phương pháp thực tiễn của Ấn Độ giáo. Nó lấy lý luận triết học của Áo Nghĩa Thư (Upanishads) làm kiến trúc thượng tầng, về sau lại tiếp thu thêm tư tưởng Trung quán và phương pháp tư biện của Phật giáo để cuối cùng xác lập cơ sở lý luận của AᮠĐộ giáo cách tân. Có thể nói Ấn Độ giáo cách tân là một tập đại thành của Bà La Môn giáo và Phật giáo, để hình thành nên một cơ sở lý luận Aᮍ Độ giáo mới. Về mặt lý luận thì sử dụng những nguyên lý cao nhất của Bà-la-môn giáo và Phật giáo, về mặt thực tiễn thì sử dụng các phương pháp chú thuật thiền định và rèn luyện thân thể.
Đứng về Phật giáo mà nói thì trên lĩnh vực tư tưởng, với sự xuất hiện của phái Trung Quán, đã phát triển tới mức bão hòa. Trên lĩnh vực thực tiễn, với sự xuất hiện của học phái duy thức du già, cũng đã phát triển tới mức bão hòa. Dần dần về mặt chí đạo lại quá thiên về lý luận, coi nhẹ các pháp môn tu hành thực tiễn, hơn nữa số nhân tài ít đi, giáo đoàn lại sa sút, suy yếu nên Phật giáo không có cách nào chống chọi được với thế lực của Ấn Độ giáo. Do đó quần chúng ào ạt bỏ Phật giáo ngã theo Ấn Độ giáo, có hàng trăm, hàng trăm tăng sĩ Phật giáo đi theo AᮠĐộ giáo.
Những nhân sĩ có tâm huyết trong Phật giáo Ấn Độ, để có thể tồn tại, đã tiếp thu những sở trường của Ấn Độ giáo rồi áp dụng vào Phật giáo, hình thành những nét đặc sắc của Phật giáo đại thừa vào cuối thời kỳ kết hợp lý luận Trung quán với phép tu Du già tạo ra pháp môn “Vô thượng du già mật” tức là áp dụng phương pháp tu hành của Ấn Độ giáo dùng quan điểm Phật giáo để biện minh. Đó là điển hình của Phật giáo đại thừa Ấn Độ truyền sang Tây Tạng.
Vì ranh giới giữa Mật giáo với Ấn Độ giáo không rõ ràng, nên hai tôn giáo này tồn tại hay không tồn tại không thành vấn đề gì đối với xã hội. Tín đồ Phật giáo, Ấn Độ giáo ngày nay nói rằng : “Phật giáo đã được Ấn Độ giáo tiếp thu và hòa đồng vào Ấn Độ giáo rồi. Phật Thích Ca hóa thân thứ bảy của Phạm Thiên Vương : Danh nghĩa của Phật giáo tuy không còn ở Ấn Độ nhưng một bộ phận nội dung của Phật giáo vẫn tồn tại sống động ở trong Ấn Độ giáo. Nhưng Ấn Độ giáo là hữu thần luận, Phật giáo là vô thần luận. Tuy hai tôn giáo hỗn đồng với nhau, nhưng giáo nghĩa lại khác biệt nhau. Vì vậy, Phật giáo chân chính đã bị diệt vong tại Ấn Độ.
Phật giáo bị diệt vong ở Ấn Độ không phải hoàn toàn do sự thịnh hành của Mật giáo. Sự xâm nhập của quân Hồi cũng là nguyên nhân chủ yếu. Bắt đầu từ cuối thế kỷ, quân Hồi từ phía Tây Bắc tấn công vào Ấn Độ. Đến đâu chúng cũng đốt phá chùa chiền tu viện, giết sạch tăng sĩ. Số tăng sĩ may mắn sống sót phải chạy trốn. Đến thế kỷ XI và cuối thế kỷ XI, Hồi giáo thành lập vương triều ở Ấn Độ. Các Phật tử nếu không theo Hồi giáo cũng phải theo Ấn Độ giáo. Do vậy, vận mạng của Phật giáo Ấn Độ xem như kết thúc. Phật giáo cố nhiên là bị diệt vong trong thời kỳ Mật giáo thịnh hành. Nhưng tin theo Mật giáo không nhất định là làm cho Phật giáo diệt vong. Vì vậy mà đại thừa Mật giáo truyền vào Tây Tạng từ thế kỷ XIII đến nay vẫn tồn tại một cách vững chắc.
Ở Trung Quốc, trong bối cảnh của hai trào lưu văn hóa Nho và Đạo gia, dân tình và phong tục lại khác với Tây Tạng, nên đại thừa Mật giáo tuy sớm du nhập từ thế kỷ XIII dưới triều vua Đường Huyền Tông lại có ba cao tăng Mật giáo là Kim Cương Trí, Thiện Vô Úy và Bất Không phiên dịch một số lớn kinh sách Mật giáo nhưng Mật giáo vẫn không được hoan nghênh ở Trung Quốc. Trái lại, sau khi truyền sang Nhật Bản nó lại trở thành một tông phái riêng và tồn tại cho đến nay. Đến triều Nguyễn, người Mông Cổ làm chủ Trung Nguyên, đem Lạt-ma giáo Tây Tạng du nhập vào đất hán, nhưng phạm vi ảnh hưởng chỉ khoanh tròn trong số người Mông Cổ và một số ít nhân sĩ có liên quan tới người Mông Cổ mà thôi, nhưng không được dân tộc Hán tin thờ. Từ buổi đầu, Mật giáo tuy có chút khởi sắc, nhưng do người truyền giáo Mật giáo tốt xấu pha tạp, ai cũng có thể tự xưng là thượng sư, nên Mật giáo không thâm nhập được vào cơ sở của nền văn hóa Trung Quốc. Hiện nay Mật giáo Tây Tạng lan truyền tới nhiều nơi trên thế giới, trong xã hội người Trung Hoa cũng có ảnh hưởng khá lớn, chúng ta nên học cái hay, không nên học cái dở của nó.
Nếu có những nhân tài Mật giáo Tây Tạng, được huấn luyện và đào tạo nghiêm túc lâu dài cũng như những cao tăng theo Phật giáo Tây Tạng chính thống đến truyền bá Mật giáo, dựa vào kinh sách của đạo sư Tôn Ka Pa như “Bồ đề đạo thứ độ luận”, “Mật tôn đạo thứ độ luận”… làm căn cứ để hoằng dương Mật giáo, như đối với Hiển giáo thì làm sao có thể dẫn đến hậu quả diệt vong được. Nhưng nếu chỉ rung chuông, múa chùy, thổi kèn, đáng trống, chú thuật v.v… nhằm để cầu tài đuổi quỷ, cầu trường sinh bất tử, với những phép tu gọi là tức thân thành Phật, để kêu gọi phát triển Mật giáo và nếu chỉ như vậy thôi, thì thật là bất hạnh cho Phật giáo. Nếu một loại Mật giáo như vậy mà hưng thịnh thì đạo Phật có lý do để bị diệt vong vậy !